محمدباقر بهبودی در مصاحبه با (کیهان فرهنگی، شماره ۳۱، مهر ۱۳۶۵) با نگاهی کتابشناختی به معرفی برخی از آثار خود می پردازد:

“اولین کتابی که تألیف کردم، کتاب قاطع البرهان فی علم المیزان است که در سال ۱۳۲۸ شمسی به چاپ رسیده است. بعد از آن در سال ۱۳۲۹ کتابی در تجوید به نام اسلوب جدید در شناسائی تجوید به چاپ رساندم که مقدمه آن در تاریخ علم قرائت و تجوید بسیار جالب تهیه شده است. در سال ۱۳۳۳ کتاب میثم تمار، شرح حال‌صحابی معروف علی علیه السلام، و در سال ۱۳۳۴ کتاب آئین دوستی و مردمداری که ترجمه و اقتباسی بود از کتاب کیف تکسب الاصدقاء را چاپ کردم.

از سال ۱۳۳۷ که به تهران آمدم، تألیف جداگانه‌ای نداشته‌ام. از سال ۵۲ که مجددا به رشته تألیف بازگشتم، اولین کتاب را با نام معجزه قرآن و مبارزه با فلسفه شرک چاپ کردم. بعد از آن کتابی با نام یوسف صدیق عرضه کردم که تنها مایه و نکات و اشارات آن، قرآن مجید است و در آن از اساطیر مذهبی پرهیز شده است. در این جا اجازه می‌خواهم که توجه هنرمندان فیلم و تئاتر را به این کتاب تاریخی جلب کنم. بعد از آن کتابی کوچک به نام عمره قران و پس از آن کتابی به نام ارث که آیات ارث قرآن را مستقلا مورد بحث و تفسیر قرار داده نوشته‌ام. از دیگر آثار بنده کتابی است به نام ربا که همراه کتاب ارث تجلید شده است و نیز اثری دیگر به نام بعثت ـ عاشورا که تحلیل دقیقی از حدیث “حسین منی و انا من حسین” را ارائه می‌دهد. به اضافه بحثی در سوره کوثر با نام میلادیه انسیه حورا. بحث “حسین منی و انا من حسین” قبلا در یادنامه علامه امینی به چاپ رسیده بود.

کتابی، یا بهتر بگویم جزوه‌ای دیگر با نام اصول الدین علی ضوء نهج البلاغه هم نوشته‌ام که در سال ۱۳۵۹ به وسیله اولین کنگره نهج البلاغه چاپ و منتشر شد و سپس در سومین کنگره، ترجمه‌ای بر آن افزودم و مجموع متن و ترجمه به نام اصول دین در پرتو نهج البلاغه سال ۱۳۶۲ به وسیله وزارت ارشاد اسلامی به چاپ رسید. از سلسله درسهایی که در کتابخانه‌ها در مسجد جعفری (قیطریه) القا می‌شد دو قسمت آن از نوار پیاده شد و یکی با نام هفت آسمان و دیگری با نام جبر و اختیار در سال ۱۳۵۷ منتشر شده است. ضمنا دو جلد از مجلدات الغدیر که جلد هفتم و هشتم باشد به وسیله من ترجمه و تصحیح شده است. این دو جلد، ترجمه جلد چهارم اصل است که سیصد و پنجاه صفحه آن حاوی اشعار بزرگان مذهب است از قبیل غدیریه مهیار دیلمی و سید شریف رضی و برادرش سید مرتضی و جماعتی دیگر ــ‌ که نثر این جلد فقط پنجاه صفحه است”.

اساسا یکی از شرایط اصلی برای ورود نقدگونه به ترجمه ها و تفسیرهای رایج قرآن ونگاه منتقدانه به احادیث، – به نوعی پالایش روایات- داشتن مبانی قرآن شناختی، فقه الحدیثی و درایه الحدیثی است. مبانی استاد بهبودی در دو کتاب معرفه الحدیث و علل الحدیث به تفصیل، و در برخی مقدمه های کتب ایشان، (از جمله تدبری در قرآن و معانی القرآن) و در بسیاری از مقاله ها و نوشته هایی که به نوعی درپاسخ به منتقدان دیدگاه، سبک و شیوه ایشان، نگارش شده، ملاحظه می شود.