استاد محمدباقر بهبودی در آبان ۱۳۰۷ ش /۱۳۴۷ ق، در مشهد به دنیا آمد. او در سال ۱۳۲۱ تحصیلات مذهبی خود را در حوزه‌ علمیه مشهد آغاز کرد. اساتیدش در مشهد محمد‌تقی نیشابوری، معروف به ادیب دوم، میرزا هاشم قزوینی و احمد یزدی بودند.

وی در ۱۳۳۳ به قم و سپس به نجف مسافرت کرد. در نجف نیز از محضر اساتیدی همچون سید ابوالقاسم خویی، سید محسن حکیم و عبد‌الهادی شیرازی بهره برد. در این میان، از میرزا هاشم قزوینی بیش از همه یاد می‌کرد.

او در سال ۱۳۳۵ به مشهد بازگشت. وی در سال‌های نخستین تحصیلی‌اش آثاری چون شرح بر صمدیه و عوامل ملا‌محسن، قاطع البرهان فی علم المیزان، اسلوب جدید در شناسایی تجوید، میثم تمار و آیین دوستی و مردم‌داری را تألیف کرد.

در سال ۱۳۳۷ به تهران آمد و تصحیح، مقابله، تحقیق و تألیف کتب را آغاز کرد. بهبودی در سال‏های ۱۳۵۲-۱۳۵۷ به قرآن پژوهی و تدریس مسائل موضوعی قرآن پرداخت و نیز به مطالعه‏ های رجالی- حدیثی ادامه داد.

وی پس از آن چند سالی (۱۳۶۹- ۱۳۷۲) در دانشگاه تربیت‏ مدرس، به تدریس علوم دینی اشتغال داشت. او از سنین میانسالی تا آخر عمر خود در منزل شخصی‌اش، به‌طور رایگان و مشتاقانه پذیرای طالبان علوم اسلامی بود.

وی در بیست و یکم بهمن ماه یکهزار و سیصد و نود و سه، در سن هشتاد و شش سالگی دار فانی را وداع گفت.